JOB Scheduler Slurmのインストールと使い方

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Slurm JOB Scheduler

JOB Schedulerの中でHPC環境で非常に人気のあるSlurmのインストールlと設定を行い、Intel MPIのジョブを流してみます。OSはUbuntu 20.04を使います。簡単にインストールと設定ができてすぐに使える様になります。HPC用のサーバーやワークステーションを使っているが、まだジョブスケジューラは使っていないという方は、この記事の方法で、試してみてはいかがでしょうか。

Slurmのインストール

slurmのパッケージslurm-wlmをインストールします。mungeも含めて、必要なパッケージはすべて含まれていますので、これ一つをインストールするだけで大丈夫です。

root@hpc-machine:~# apt install slurm-wlm パッケージリストを読み込んでいます... 完了依存関係ツリーを作成しています状態情報を読み取っています... 完了以下の追加パッケージがインストールされます: libaec0 libdbi1 libhdf5-103 libhwloc-plugins libhwloc15 libipmimonitoring6 liblua5.1-0 libmunge2 librrd8 libsz2 libxnvctrl0 munge slurm-client slurm-wlm-basic-plugins slurmctld slurmd 提案パッケージ: libhwloc-contrib-plugins 以下のパッケージが新たにインストールされます: libaec0 libdbi1 libhdf5-103 libhwloc-plugins libhwloc15 libipmimonitoring6 liblua5.1-0 libmunge2 librrd8 libsz2 libxnvctrl0 munge slurm-client slurm-wlm slurm-wlm-basic-plugins slurmctld slurmd アップグレード: 0 個、新規インストール: 17 個、削除: 0 個、保留: 0 個。 4,843 kB のアーカイブを取得する必要があります。この操作後に追加で 16.1 MB のディスク容量が消費されます。続行しますか? [Y/n] y 以下省略 systemd (245.4-4ubuntu3.22) のトリガを処理しています ... man-db (2.9.1-1) のトリガを処理しています ... libc-bin (2.31-0ubuntu9.14) のトリガを処理しています ... root@hpc-machine:~#

次に/etc/slurm-llnl/slurm.confを作成します。雛形は下記のとおりです。

# slurm.conf file generated by configurator easy.html. # Put this file on all nodes of your cluster. # See the slurm.conf man page for more information. # ControlMachine=hpc-machine #ControlAddr= # #MailProg=/bin/mail MpiDefault=none #MpiParams=ports=#-# ProctrackType=proctrack/pgid ReturnToService=1 SlurmctldPidFile=/var/run/slurmctld.pid #SlurmctldPort=6817 SlurmdPidFile=/var/run/slurmd.pid #SlurmdPort=6818 SlurmdSpoolDir=/var/spool/slurm-llnl/slurmd #SlurmUser=slurm SlurmdUser=root StateSaveLocation=/var/spool/slurm-llnl SwitchType=switch/none TaskPlugin=task/none # # GresTypes=gpu # # # TIMERS #KillWait=30 #MinJobAge=300 #SlurmctldTimeout=120 #SlurmdTimeout=300 # # # SCHEDULING FastSchedule=1 SchedulerType=sched/backfill SelectType=select/cons_res SelectTypeParameters=CR_CPU # # # LOGGING AND ACCOUNTING AccountingStorageType=accounting_storage/none ClusterName=cluster #JobAcctGatherFrequency=30 JobAcctGatherType=jobacct_gather/none #SlurmctldDebug=3 SlurmctldLogFile=/var/log/slurm-llnl/slurmctld.log #SlurmdDebug=3 SlurmdLogFile=/var/log/slurm-llnl/slurmd.log # # # COMPUTE NODES #NodeName=hpc-machine CPUs=20 RealMemory=257834 Gres=gpu:2 State=UNKNOWN #NodeName=hpc-machine CPUs=32 RealMemory=515847 Gres=gpu:a100:2,gpu:a6000:6 State=UNKNOWN NodeName=hpc-machine CPUs=48 RealMemory=515673 State=UNKNOWN PartitionName=debug Nodes=hpc-machine Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP

上記のファイル中のhpc-machineがインストールするコンピュータのhostnameですので、ご自分のコンピュータのhostnameに置き換えてください。

root@hpc-machine:~# hostname hpc-machine root@hpc-machine:~#

下から2行目のCPUs=のあとの数値は、コンピュータのトータルコア数です。nprocコマンドで表示される数を入れてください。

root@hpc-machine:~# nproc 48 root@hpc-machine:~#

その右のRealMemory＝の右の数はコンピュータのトータルメモリサイズのMB表記を入れます。free -mコマンドで表示されます。

root@hpc-machine:~# free -m total used free shared buff/cache available Mem: 515673 2902 511184 47 1586 509918 Swap: 2047 0 2047 root@hpc-machine:~#

ここまでで設定は終了です。ジョブ投入のslurmctldとジョブ実行のslurmdを起動します。

root@hpc-machine:~# systemctl start slurmd slurmctld root@hpc-machine:~#

リブートしても、上記の2つが起動されるよう、下記を実行します。

root@hpc-machine:/home/hpc/himeno# systemctl enable slurmd slurmctld Synchronizing state of slurmd.service with SysV service script with /lib/systemd/systemd-sysv-install. Executing: /lib/systemd/systemd-sysv-install enable slurmd Synchronizing state of slurmctld.service with SysV service script with /lib/systemd/systemd-sysv-install. Executing: /lib/systemd/systemd-sysv-install enable slurmctld root@hpc-machine:/home/hpc/himeno#

正常に動作しているか確認します。

root@hpc-machine:~# sinfo PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST debug* up infinite 1 drain hpc-machine root@hpc-machine:~#

stateがidleでなくdrainなのでscontrolコマンドでidleに戻します。

root@hpc-machine:~# scontrol update state=idle node=hpc-machine root@hpc-machine:~#

その後再びsinfoコマンドでidleになったか確認します。

root@hpc-machine:~# sinfo PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST debug* up infinite 1 idle hpc-machine root@hpc-machine:~#

idle状態になりましたので、slurmでジョブ投入が可能になりました。

姫野ベンチ

それではジョブ投入するプログラムとして姫野ベンチを使ってみましょう。姫野ベンチのダウンロード方法は、こちらをご覧ください。

ここでは姫野ベンチのソースコードhimenoBMTxpr.f90を/home/hpc/himenoに置きました。Intel oneAPI (base+hpc)はすでにインストールされています（インストール方法はこちら）。

姫野ベンチのコンパイルは

hpc@hpc-machine:~/himeno$ mpiifx -O3 -ipo -xHost -fast himenoBMTxpr.f90 -o himeno hpc@hpc-machine:~/himeno$

最初にマニュアルで実行してみます。himenoベンチを実行する場合並列数、グリッドのサイズ、グリッドを３方向それぞれ何分割するかを入力する必要があります。最初ですので、並列数は48、グリッドサイズはxl、分割数は1 48 1にすることにします。

hpc@hpc-machine:~/himeno$ mpirun -np 48 ./himeno <<. > xl > 1 48 1 > . For example: Grid-size= XS (64x32x32) S (128x64x64) M (256x128x128) L (512x256x256) XL (1024x512x512) Grid-size = For example: DDM pattern= 1 1 2 i-direction partitioning : 1 j-direction partitioning : 1 k-direction partitioning : 2 DDM pattern = Sequential version array size mimax= 1025 mjmax= 513 mkmax= 513 Parallel version array size mimax= 1025 mjmax= 13 mkmax= 513 imax= 1024 jmax= 12 kmax= 512 I-decomp= 1 J-decomp= 48 K-decomp= 1 Start rehearsal measurement process. Measure the performance in 3 times. MFLOPS: 152595.297156194 time(s): 0.177684802358272 4.3909566E-04 Now, start the actual measurement process. The loop will be excuted in 1013 times. This will take about one minute. Wait for a while. Loop executed for 1013 times Gosa : 3.6584929E-04 MFLOPS: 166910.878121555 time(s): 54.8523175419905 Score based on Pentium III 600MHz : 2014.859 hpc@hpc-machine:~/himeno

メモリがddr5-4800に高速化されたので、姫野ベンチとしては高速な結果になっている様です。ちなみに、このマシンは

hpc@hpc-machine:~/himeno$ nproc 48 hpc@hpc-machine:~/himeno$ head /proc/cpuinfo processor : 0 vendor_id : GenuineIntel cpu family : 6 model : 143 model name : Intel(R) Xeon(R) Gold 5418Y stepping : 8 microcode : 0x2b0004d0 cpu MHz : 800.000 cache size : 46080 KB physical id : 0 hpc@hpc-machine:~/himeno$ free -m total used free shared buff/cache available Mem: 515673 2883 510799 47 1990 509935 Swap: 2047 0 2047 hpc@hpc-machine:~/himeno$

の構成です。

いよいよ、slurmでジョブ投入して実行してみます。その為には、ジョブを記述したファイルを作り、それをsbatchコマンドでジョブ投入するという流れになります。上記のマニュアル実行と同じことをslurmに投入する為のファイルjob_himeno.shの記述は

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat job_himeno.sh #!/bin/bash #SBATCH --job-name=himeno_benchmark #SBATCH --output=himeno_output.txt #SBATCH --ntasks=48 #SBATCH --nodes=1 mpirun -np $SLURM_NTASKS ./himeno <<. xl 1 48 1 .

このジョブを投入するには

hpc@hpc-machine:~/himeno$ sbatch job_himeno.sh Submitted batch job 4 hpc@hpc-machine:~/himeno$

ジョブのキューを確認するには

hpc@hpc-machine:~/himeno$ squeue JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 4 debug himeno_b hpc R 0:04 1 hpc-machine hpc@hpc-machine:~/himeno$

しばらくしてから（1分で姫野ベンチの実行が終わる）、再度キューを確認すると

hpc@hpc-machine:~/himeno$ squeue JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) hpc@hpc-machine:~/himeno$

キューにはジョブは残っていません。ジョブの出力は記述ファイルの中でhimeno_output.txtとしていましたので、そのファイルを見てみます。

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat himeno_output.txt For example: Grid-size= XS (64x32x32) S (128x64x64) M (256x128x128) L (512x256x256) XL (1024x512x512) Grid-size = For example: DDM pattern= 1 1 2 i-direction partitioning : 1 j-direction partitioning : 1 k-direction partitioning : 2 DDM pattern = Sequential version array size mimax= 1025 mjmax= 513 mkmax= 513 Parallel version array size mimax= 1025 mjmax= 13 mkmax= 513 imax= 1024 jmax= 12 kmax= 512 I-decomp= 1 J-decomp= 48 K-decomp= 1 Start rehearsal measurement process. Measure the performance in 3 times. MFLOPS: 142284.161020305 time(s): 0.190561373954552 4.3909566E-04 Now, start the actual measurement process. The loop will be excuted in 944 times. This will take about one minute. Wait for a while. Loop executed for 944 times Gosa : 3.6778196E-04 MFLOPS: 163972.787692517 time(s): 52.0319847459505 Score based on Pentium III 600MHz : 1979.391 hpc@hpc-machine:~/himeno$

正常に実行されています。この記述ファイルでは、並列数、３方向のグリッドの分割数はハードコードされていて、ファイルを修正しない限り変更できません。これでは不便なので、並列数と3つの分割数をパラメータとして与えて、ジョブを投入するスクリプトを作成します。このスクリプト名をsbatch_himeno.shとするとその内容は、

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat sbatch_himeno.sh #!/bin/bash sbatch <<. #!/bin/bash #SBATCH --job-name=himeno_$1_$2_$3_$4 #SBATCH --output=logdir/himeno_$1_$2_$3_$4.log #SBATCH --ntasks=$1 #SBATCH --nodes=1 mpirun -np $1 ./himeno <<.. xl $2 $3 $4 .. . hpc@hpc-machine:~/himeno$

となります。これを使って例えば、32並列、分割数4x4x2のジョブを投入するには

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ./sbatch_himeno.sh 32 4 4 2 Submitted batch job 6 hpc@hpc-machine:~/himeno$

の様にします。キューを見ると

hpc@hpc-machine:~/himeno$ squeue JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 6 debug himeno_3 hpc R 0:05 1 hpc-machine hpc@hpc-machine:~/himeno$

の様に投入され、1分経つと終わります。ジョブの出力ファイルは、

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ls -l logdir/ total 4 -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 16 16:58 himeno_32_4_4_2.log

内容は

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat logdir/himeno_32_4_4_2.log For example: Grid-size= XS (64x32x32) S (128x64x64) M (256x128x128) L (512x256x256) XL (1024x512x512) Grid-size = For example: DDM pattern= 1 1 2 i-direction partitioning : 1 j-direction partitioning : 1 k-direction partitioning : 2 DDM pattern = Sequential version array size mimax= 1025 mjmax= 513 mkmax= 513 Parallel version array size mimax= 258 mjmax= 130 mkmax= 258 imax= 257 jmax= 129 kmax= 257 I-decomp= 4 J-decomp= 4 K-decomp= 2 Start rehearsal measurement process. Measure the performance in 3 times. MFLOPS: 160090.302779007 time(s): 0.169366068683303 4.3910590E-04 Now, start the actual measurement process. The loop will be excuted in 1062 times. This will take about one minute. Wait for a while. Loop executed for 1062 times Gosa : 3.6330652E-04 MFLOPS: 167482.014530106 time(s): 57.3094867135042 Score based on Pentium III 600MHz : 2021.753 hpc@hpc-machine:~/himeno$

となり正しく動作していることがわかります。

これだけではジョブスケジューラを使う意味がないので、グリッドの分割をどの値にすると最高性能が出るのか、ジョブスケジューラであらゆる可能性のジョブを投入してみましょう。

その為の準備として、並列数を与えて、3つの整数の積に分解するスクリプトを作ります。このスクリプト名を3_products.shとすると、

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat 3_products.sh #!/bin/bash np=$1 nl=1 for i in `seq 1 $np` do if [ $(( $np % i )) -eq 0 ] then jj=$(( $np / $i )) for j in `seq 1 $jj` do if [ $(( $jj % $j )) -eq 0 ] then k=$(( $jj / $j )) echo $nl:$np=$i*$j*$k nl=$((nl + 1)) fi done fi done hpc@hpc-machine:~/himeno$

となります。並列数48の場合の、グリッドの分割の仕方は

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ./3_products.sh 48
1:48=1*1*48
2:48=1*2*24
3:48=1*3*16
4:48=1*4*12
5:48=1*6*8
6:48=1*8*6
7:48=1*12*4
8:48=1*16*3
9:48=1*24*2
10:48=1*48*1
11:48=2*1*24
12:48=2*2*12
13:48=2*3*8
14:48=2*4*6
15:48=2*6*4
16:48=2*8*3
17:48=2*12*2
18:48=2*24*1
19:48=3*1*16
20:48=3*2*8
21:48=3*4*4
22:48=3*8*2
23:48=3*16*1
24:48=4*1*12
25:48=4*2*6
26:48=4*3*4
27:48=4*4*3
28:48=4*6*2
29:48=4*12*1
30:48=6*1*8
31:48=6*2*4
32:48=6*4*2
33:48=6*8*1
34:48=8*1*6
35:48=8*2*3
36:48=8*3*2
37:48=8*6*1
38:48=12*1*4
39:48=12*2*2
40:48=12*4*1
41:48=16*1*3
42:48=16*3*1
43:48=24*1*2
44:48=24*2*1
45:48=48*1*1
hpc@hpc-machine:~/himeno$

45通りあることがわかります。それではこのスックリプトを少し修正して姫野ベンチのグリッド分割の全ての場合をジョブ投入するスクリプトをsbatch_himeno_all.shという名前で作成します。

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat sbatch_himeno_all.sh #!/bin/bash np=$1 nl=1 for i in `seq 1 $np` do if [ $(( $np % i )) -eq 0 ] then jj=$(( $np / $i )) for j in `seq 1 $jj` do if [ $(( $jj % $j )) -eq 0 ] then k=$(( $jj / $j )) echo $nl:$np=$i*$j*$k ./sbatch_himeno.sh $np $i $j $k nl=$((nl + 1)) fi done fi done hpc@hpc-machine:~/himeno$

並列数48で実行すると

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ./sbatch_himeno_all.sh 48 1:48=1*1*48 Submitted batch job 7 2:48=1*2*24 Submitted batch job 8 3:48=1*3*16 Submitted batch job 9 4:48=1*4*12 Submitted batch job 10 5:48=1*6*8 Submitted batch job 11 6:48=1*8*6 Submitted batch job 12 7:48=1*12*4 Submitted batch job 13 8:48=1*16*3 Submitted batch job 14 9:48=1*24*2 Submitted batch job 15 10:48=1*48*1 Submitted batch job 16 11:48=2*1*24 Submitted batch job 17 12:48=2*2*12 Submitted batch job 18 13:48=2*3*8 Submitted batch job 19 14:48=2*4*6 Submitted batch job 20 15:48=2*6*4 Submitted batch job 21 16:48=2*8*3 Submitted batch job 22 17:48=2*12*2 Submitted batch job 23 18:48=2*24*1 Submitted batch job 24 19:48=3*1*16 Submitted batch job 25 20:48=3*2*8 Submitted batch job 26 21:48=3*4*4 Submitted batch job 27 22:48=3*8*2 Submitted batch job 28 23:48=3*16*1 Submitted batch job 29 24:48=4*1*12 Submitted batch job 30 25:48=4*2*6 Submitted batch job 31 26:48=4*3*4 Submitted batch job 32 27:48=4*4*3 Submitted batch job 33 28:48=4*6*2 Submitted batch job 34 29:48=4*12*1 Submitted batch job 35 30:48=6*1*8 Submitted batch job 36 31:48=6*2*4 Submitted batch job 37 32:48=6*4*2 Submitted batch job 38 33:48=6*8*1 Submitted batch job 39 34:48=8*1*6 Submitted batch job 40 35:48=8*2*3 Submitted batch job 41 36:48=8*3*2 Submitted batch job 42 37:48=8*6*1 Submitted batch job 43 38:48=12*1*4 Submitted batch job 44 39:48=12*2*2 Submitted batch job 45 40:48=12*4*1 Submitted batch job 46 41:48=16*1*3 Submitted batch job 47 42:48=16*3*1 Submitted batch job 48 43:48=24*1*2 Submitted batch job 49 44:48=24*2*1 Submitted batch job 50 45:48=48*1*1 Submitted batch job 51 hpc@hpc-machine:~/himeno$

の様にジョブが投入されます。キューを見てみると、

hpc@hpc-machine:~/himeno$ squeue JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 8 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Resources) 9 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 10 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 11 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 12 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 13 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 14 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 15 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 16 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 17 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 18 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 19 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 20 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 21 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 22 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 23 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 24 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 25 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 26 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 27 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 28 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 29 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 30 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 31 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 32 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 33 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 34 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 35 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 36 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 37 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 38 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 39 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 40 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 41 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 42 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 43 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 44 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 45 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 46 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 47 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 48 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 49 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 50 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 51 debug himeno_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 7 debug himeno_4 hpc R 0:04 1 hpc-machine hpc@hpc-machine:~/himeno$

の様に表示されますが、ジョブ名が全部表示されませんので、どこまで実行が終わっているのかがわかりません。わかるようq.shを作ります。

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat q.sh #!/bin/bash squeue -o "%.8i %5P %30j %5u %.2t %.10M %.6D %R" hpc@hpc-machine:~/himeno$

こちらでキューを表示すると

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ./q.sh JOBID PARTI NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 13 debug himeno_48_1_12_4 hpc PD 0:00 1 (Resources) 14 debug himeno_48_1_16_3 hpc PD 0:00 1 (Priority) 15 debug himeno_48_1_24_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 16 debug himeno_48_1_48_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 17 debug himeno_48_2_1_24 hpc PD 0:00 1 (Priority) 18 debug himeno_48_2_2_12 hpc PD 0:00 1 (Priority) 19 debug himeno_48_2_3_8 hpc PD 0:00 1 (Priority) 20 debug himeno_48_2_4_6 hpc PD 0:00 1 (Priority) 21 debug himeno_48_2_6_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 22 debug himeno_48_2_8_3 hpc PD 0:00 1 (Priority) 23 debug himeno_48_2_12_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 24 debug himeno_48_2_24_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 25 debug himeno_48_3_1_16 hpc PD 0:00 1 (Priority) 26 debug himeno_48_3_2_8 hpc PD 0:00 1 (Priority) 27 debug himeno_48_3_4_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 28 debug himeno_48_3_8_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 29 debug himeno_48_3_16_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 30 debug himeno_48_4_1_12 hpc PD 0:00 1 (Priority) 31 debug himeno_48_4_2_6 hpc PD 0:00 1 (Priority) 32 debug himeno_48_4_3_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 33 debug himeno_48_4_4_3 hpc PD 0:00 1 (Priority) 34 debug himeno_48_4_6_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 35 debug himeno_48_4_12_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 36 debug himeno_48_6_1_8 hpc PD 0:00 1 (Priority) 37 debug himeno_48_6_2_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 38 debug himeno_48_6_4_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 39 debug himeno_48_6_8_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 40 debug himeno_48_8_1_6 hpc PD 0:00 1 (Priority) 41 debug himeno_48_8_2_3 hpc PD 0:00 1 (Priority) 42 debug himeno_48_8_3_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 43 debug himeno_48_8_6_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 44 debug himeno_48_12_1_4 hpc PD 0:00 1 (Priority) 45 debug himeno_48_12_2_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 46 debug himeno_48_12_4_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 47 debug himeno_48_16_1_3 hpc PD 0:00 1 (Priority) 48 debug himeno_48_16_3_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 49 debug himeno_48_24_1_2 hpc PD 0:00 1 (Priority) 50 debug himeno_48_24_2_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 51 debug himeno_48_48_1_1 hpc PD 0:00 1 (Priority) 12 debug himeno_48_1_8_6 hpc R 0:44 1 hpc-machine hpc@hpc-machine:~/himeno$

と表示されて、実行中の様子がよくわかります。1つのジョブの実行に約1分かかりますので、終わるまで約45分かかります。実行結果は./logdirの中に

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ls -lt logdir/ total 112 -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 981 Dec 17 10:33 himeno_48_4_6_2.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:33 himeno_48_4_4_3.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:32 himeno_48_4_3_4.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:31 himeno_48_4_2_6.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:30 himeno_48_4_1_12.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:29 himeno_48_3_16_1.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:28 himeno_48_3_8_2.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:27 himeno_48_3_4_4.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:26 himeno_48_3_2_8.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:25 himeno_48_3_1_16.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:24 himeno_48_2_24_1.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:23 himeno_48_2_12_2.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:22 himeno_48_2_8_3.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:21 himeno_48_2_6_4.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:20 himeno_48_2_4_6.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:19 himeno_48_2_3_8.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:18 himeno_48_2_2_12.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:17 himeno_48_2_1_24.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:16 himeno_48_1_48_1.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:15 himeno_48_1_24_2.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:14 himeno_48_1_16_3.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:13 himeno_48_1_12_4.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:12 himeno_48_1_8_6.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:11 himeno_48_1_6_8.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:10 himeno_48_1_4_12.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:09 himeno_48_1_3_16.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:08 himeno_48_1_2_24.log -rw-rw-r-- 1 hpc hpc 1167 Dec 17 10:07 himeno_48_1_1_48.log hpc@hpc-machine:~/himeno$

の様に書き込まれます。

上記の結果から、最後のMFLOPS値とdecompの行だけを取り出すスクリプトexresを作ります。

hpc@hpc-machine:~/himeno$ cat exres.sh #!/bin/bash param_count=$# if [ $param_count -eq 0 ]; then echo "パラメータが指定されていません。" exit 1 fi for param in "$@"; do tail -n 2 $param|grep MFLOPS|cut -c 13-30|tr '\n' ' ' grep decomp $param done hpc@hpc-machine:~/himeno$

このスクリプトを使って、各ファイルの速度とグリッド分割数を取り出すと

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ./exres.sh logdir/* 168468.826536138 I-decomp= 1 J-decomp= 12 K-decomp= 4 154723.793917601 I-decomp= 1 J-decomp= 1 K-decomp= 48 169956.715985419 I-decomp= 1 J-decomp= 16 K-decomp= 3 138511.610268301 I-decomp= 12 J-decomp= 1 K-decomp= 4 146283.686337229 I-decomp= 12 J-decomp= 2 K-decomp= 2 157037.523314861 I-decomp= 1 J-decomp= 2 K-decomp= 24 146283.140513876 I-decomp= 12 J-decomp= 4 K-decomp= 1 171365.142157409 I-decomp= 1 J-decomp= 24 K-decomp= 2 158012.017018905 I-decomp= 1 J-decomp= 3 K-decomp= 16 158853.208604912 I-decomp= 1 J-decomp= 4 K-decomp= 12 157992.998183273 I-decomp= 1 J-decomp= 48 K-decomp= 1 137087.059257926 I-decomp= 16 J-decomp= 1 K-decomp= 3 141422.018978759 I-decomp= 16 J-decomp= 3 K-decomp= 1 161862.200533065 I-decomp= 1 J-decomp= 6 K-decomp= 8 167080.150327140 I-decomp= 1 J-decomp= 8 K-decomp= 6 170859.547714754 I-decomp= 2 J-decomp= 12 K-decomp= 2 154276.344988048 I-decomp= 2 J-decomp= 1 K-decomp= 24 155720.970322314 I-decomp= 2 J-decomp= 2 K-decomp= 12 165127.491795655 I-decomp= 2 J-decomp= 24 K-decomp= 1 157364.400504571 I-decomp= 2 J-decomp= 3 K-decomp= 8 130373.490005853 I-decomp= 24 J-decomp= 1 K-decomp= 2 130055.295142343 I-decomp= 24 J-decomp= 2 K-decomp= 1 161606.378029029 I-decomp= 2 J-decomp= 4 K-decomp= 6 164950.223238516 I-decomp= 2 J-decomp= 6 K-decomp= 4 167077.181685984 I-decomp= 2 J-decomp= 8 K-decomp= 3 153666.259947256 I-decomp= 3 J-decomp= 1 K-decomp= 16 164819.998530470 I-decomp= 3 J-decomp= 16 K-decomp= 1 155036.372239202 I-decomp= 3 J-decomp= 2 K-decomp= 8 158174.230801513 I-decomp= 3 J-decomp= 4 K-decomp= 4 167730.196103885 I-decomp= 3 J-decomp= 8 K-decomp= 2 153512.287912255 I-decomp= 4 J-decomp= 1 K-decomp= 12 167339.601364427 I-decomp= 4 J-decomp= 12 K-decomp= 1 156017.933398773 I-decomp= 4 J-decomp= 2 K-decomp= 6 157875.068332871 I-decomp= 4 J-decomp= 3 K-decomp= 4 162614.200892208 I-decomp= 4 J-decomp= 4 K-decomp= 3 168178.723498849 I-decomp= 4 J-decomp= 6 K-decomp= 2 110751.192433060 I-decomp= 48 J-decomp= 1 K-decomp= 1 149699.950102608 I-decomp= 6 J-decomp= 1 K-decomp= 8 153138.613824420 I-decomp= 6 J-decomp= 2 K-decomp= 4 163121.758382322 I-decomp= 6 J-decomp= 4 K-decomp= 2 161695.427157914 I-decomp= 6 J-decomp= 8 K-decomp= 1 146504.033741900 I-decomp= 8 J-decomp= 1 K-decomp= 6 153169.780464314 I-decomp= 8 J-decomp= 2 K-decomp= 3 160842.083021756 I-decomp= 8 J-decomp= 3 K-decomp= 2 159667.969823147 I-decomp= 8 J-decomp= 6 K-decomp= 1 hpc@hpc-machine:~/himeno$

となります。ソートしてわかりやすくしましょう。

hpc@hpc-machine:~/himeno$ ./exres.sh logdir/*|sort -r 171365.142157409 I-decomp= 1 J-decomp= 24 K-decomp= 2 170859.547714754 I-decomp= 2 J-decomp= 12 K-decomp= 2 169956.715985419 I-decomp= 1 J-decomp= 16 K-decomp= 3 168468.826536138 I-decomp= 1 J-decomp= 12 K-decomp= 4 168178.723498849 I-decomp= 4 J-decomp= 6 K-decomp= 2 167730.196103885 I-decomp= 3 J-decomp= 8 K-decomp= 2 167339.601364427 I-decomp= 4 J-decomp= 12 K-decomp= 1 167080.150327140 I-decomp= 1 J-decomp= 8 K-decomp= 6 167077.181685984 I-decomp= 2 J-decomp= 8 K-decomp= 3 165127.491795655 I-decomp= 2 J-decomp= 24 K-decomp= 1 164950.223238516 I-decomp= 2 J-decomp= 6 K-decomp= 4 164819.998530470 I-decomp= 3 J-decomp= 16 K-decomp= 1 163121.758382322 I-decomp= 6 J-decomp= 4 K-decomp= 2 162614.200892208 I-decomp= 4 J-decomp= 4 K-decomp= 3 161862.200533065 I-decomp= 1 J-decomp= 6 K-decomp= 8 161695.427157914 I-decomp= 6 J-decomp= 8 K-decomp= 1 161606.378029029 I-decomp= 2 J-decomp= 4 K-decomp= 6 160842.083021756 I-decomp= 8 J-decomp= 3 K-decomp= 2 159667.969823147 I-decomp= 8 J-decomp= 6 K-decomp= 1 158853.208604912 I-decomp= 1 J-decomp= 4 K-decomp= 12 158174.230801513 I-decomp= 3 J-decomp= 4 K-decomp= 4 158012.017018905 I-decomp= 1 J-decomp= 3 K-decomp= 16 157992.998183273 I-decomp= 1 J-decomp= 48 K-decomp= 1 157875.068332871 I-decomp= 4 J-decomp= 3 K-decomp= 4 157364.400504571 I-decomp= 2 J-decomp= 3 K-decomp= 8 157037.523314861 I-decomp= 1 J-decomp= 2 K-decomp= 24 156017.933398773 I-decomp= 4 J-decomp= 2 K-decomp= 6 155720.970322314 I-decomp= 2 J-decomp= 2 K-decomp= 12 155036.372239202 I-decomp= 3 J-decomp= 2 K-decomp= 8 154723.793917601 I-decomp= 1 J-decomp= 1 K-decomp= 48 154276.344988048 I-decomp= 2 J-decomp= 1 K-decomp= 24 153666.259947256 I-decomp= 3 J-decomp= 1 K-decomp= 16 153512.287912255 I-decomp= 4 J-decomp= 1 K-decomp= 12 153169.780464314 I-decomp= 8 J-decomp= 2 K-decomp= 3 153138.613824420 I-decomp= 6 J-decomp= 2 K-decomp= 4 149699.950102608 I-decomp= 6 J-decomp= 1 K-decomp= 8 146504.033741900 I-decomp= 8 J-decomp= 1 K-decomp= 6 146283.686337229 I-decomp= 12 J-decomp= 2 K-decomp= 2 146283.140513876 I-decomp= 12 J-decomp= 4 K-decomp= 1 141422.018978759 I-decomp= 16 J-decomp= 3 K-decomp= 1 138511.610268301 I-decomp= 12 J-decomp= 1 K-decomp= 4 137087.059257926 I-decomp= 16 J-decomp= 1 K-decomp= 3 130373.490005853 I-decomp= 24 J-decomp= 1 K-decomp= 2 130055.295142343 I-decomp= 24 J-decomp= 2 K-decomp= 1 110751.192433060 I-decomp= 48 J-decomp= 1 K-decomp= 1 hpc@hpc-machine:~/himeno$

となりグリッドの分割方法によって、性能が大きく変わることがわかります。

JOB Scheduler Slurmのインストールと使い方

目次

Slurmのインストール

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