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July 08, 2023 349IntelのMPIはFreeのOpenMPIなどに比べて高性能と言われてきました。しかし少し前まではIntel MPIは有償でそれなりに高額なので、OpenMPIとの性能差を気軽に確かめることはできませんでした。現在は無償でダウンローと可能なintel oneAPIの中にIntel MPIが含まれており、その性能を気軽に確かめることができます。このBlogではIntel oneAPIをインストールして、姫野ベンチのMPI版を使い、OpenMPIとの性能差を確認します。
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June 10, 2023 71AMDの最新CPU、Genoaを搭載する２台のサーバーに200GbpsのInfinibandカードを搭載し、Infinibandクラスターを構築した。Infiniband Driverをインストールし、Subnet Managerを立ち上げ、最新のOpenMPIのソースコードをダウンロードしてbuild後、osu-micro-benchmarksで速度を計測してみた。ついでに、姫野ベンチで192コアでのベンチマークを撮ってみた。
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May 20, 2023 15本Blogで連載の「HPC Cluster構築」の手順に従って作成した、Virtual HPC Cluster USBの使い方を説明します。 USBメモリをノートPC、デスクトップPC、ワークステーション、サーバーなどに差し込んで、Boot Deviceとして選択して立ち上げます。
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May 20, 2023 20Virtual HPC Cluster USBを第28回計算工学講演会（つくば国際会議場）でアンケート記入で無料プレゼントします。
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May 11, 2023 38これまでHPC Clusterの構築方法と簡単な使い方を解説してきましたが、Virtualbox上でのことでした。Virtualboxでは所詮１台のコンピュータ上で仮想のクラスターをシミュレーションしているので、性能などには限界があります。Real マシンのクラスターで性能や使い勝手がどうなるかなど、RealマシンにVirtualbox上のクラスターを移設したくなるかもしれません。今回はこの方法を解説します。
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May 09, 2023 39MPIプログラムを複数ノードを使って実行させる場合、hostfileの作成や、またどのノードが何コア空いているかを調べたりするのに、手間と時間がかかり、思いついてパッと実行することができません。しかし、ジョブスケジューラを使えば、準備やチェックが全く不要で、直ぐにジョブの投入が可能です。今回は姫野ベンチのMPIバージョンを、lavaに投入する方法の実際を解説していきます。
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May 08, 2023 20これまでの連載でhpcクラスターを構成するために必要なソフトウェアのインストールと設定は全て終わりました。 現在のところhpcクラスターを構成するノードはhpc01とhpc02の２台だけですが、hpc02をクローンして幾つかのファイルを修正すれば、ノードを増やすことができます。 ここではhpc03とhpc04を作ってクラスターに加えることにします。
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May 02, 2023 51ジョブスケジューラのインストールと設定を行います。クラスターがバラバラのPC/サーバに比べて非常に便利な点に、ジョブスケジューラが使えることがあります。プログラムのパラメータや入力ファイルを少しづつ変えて、たくさん流してその結果を比較したい場合など、プログラムを多数実行したい場合は多々あります。以下では、それらのプログラムの実行をジョブと呼ぶことにします。ジョブスケジューラを使うと、多数のジョブを１つ1つ、クラスター内のコンピュータの空いているコアに実行させ、最短時間で全てのジョブの実行を完了させることができます。
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April 19, 2023 46１台のコンピュータではプログラムの実行速度が遅い場合、複数台のコンピュータを使って、実行速度を速くできます。そのために使われる標準的な方法がMPI(Message Passing Interface)です。ライブラリとコンパイラのラッパー、起動用のコマンドなどのセットになっていて、Ubuntuを使っていれば、簡単にインストールできます。プログラムはMPI用に書き換える必要があります。ここでは、MPIのインストールと、MPI用姫野ベンチをダウンロードしてMPI用にコンパイルしてhpc01単独、hpc01とhpc02の２台で実行の比較を行います。
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April 15, 2023 41ログインノード（hpc01）でユーザー登録すれば、クラスターの全ノードでそのユーザーが有効になるように設定を行います。
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