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making hpc cluster

これまでHPC Clusterの構築方法と簡単な使い方を解説してきましたが、Virtualbox上でのことでした。Virtualboxでは所詮１台のコンピュータ上で仮想のクラスターをシミュレーションしているので、性能などには限界があります。Real マシンのクラスターで性能や使い勝手がどうなるかなど、RealマシンにVirtualbox上のクラスターを移設したくなるかもしれません。今回はこの方法を解説します。

簡単に実行可能です。

Virtualbox上のhpc01~hpc04のシステムディスクを4本のUSBメモリにブート可能な形でクローンします。

リアルマシンとして用意するhpc01~hpc04にそれぞれのUSBを挿入してUSBからブートします。ネットワークをこちらの構成図のように接続し、動作確認を行います。問題なければ、リアルhpc01~hpc04でUSBから内蔵のデバイス（SATAまたはNVMe）にUSBの内容をクローンします。

その後リアルhpc01~hpc04をリブートします。

以上でVirtualクラスターがRealクラスターに移設されます。

上記の作業で肝となるのが、システムディスクをUSBにブート可能な形でクローンするツールです。ここからダウンロードできます。ダウンロードの方法は、こちらをご覧ください。

ダウンロードの手続きが終わると、登録したメールアドレスにダウンロードURL案内の下図メールが送信されます。

赤丸中のダウンロードを右クリックしリンクをコピーします。

その後、virtualboxのhpc01に移ります。

firefoxを開き、URL入力部分に先ほどコピーしたリンクをペーストしenterキーを押します。

もしペーストができない場合は、ホストゲスト間のコピー＆ペーストの設定が必要ですので、こちらをご覧ください。

するとhpc01の/home/hpc/Downloadsにclone2sdというファイルがダウンロードされます。実行可能に変更して、hpc01~hpc04の/usr/local/sbinにコピーします。

次に、hostマシンにUSBメモリを挿入して、guestOSで使えるように設定します。それにはhostOSのvboxusersグループにvirtualboxを起動するユーザ（この連載ではhpcのみ）を加えます。hostOSのターミナルでsudo usermod -aG vboxusers hpcを実行します。

次にguestOSのUSBの設定を変更します。これにはguestOSをshutdownする必要があります。shutdown状態で、Virtualbox Managerでhpc01をクリックして、下図の赤丸のSettingをクリックします。

続いてUSBをクリックします。

Enable USB Controllerをチェックして、USB 3.0を選択し、OKをクリックします。

以上をhpc02~hpc04でも繰り返します。その後hpc01を立ち上げ、立ち上がったらhpc02~hpc04

を立ち上げます。hpc01~hpc04でUSBデバイスが認識されます。新しいUSBメモリを差し込む前にhp01で現在認識されているUSBデバイスを確認しましょう。Devices -> USBをクリックします。

USBメモリ（Generic Mass Storage）が1つと、Topreのキーボード、Logitechのワイアレスマウスが接続されているのですが、その通り認識されています。そこにもう1つのUSBメモリを差し込んでみます。JMicron Externalという名前で認識されました。ここにチェックを入れます。

するとこの仮想マシンhpc01にマウントされUSBのアイコンが表示されます（黄色い円の中）。

ターミナルで見てみると/dev/sdb2としてマウントされていることがわかります。

それではいよいよこのUSBメモリにhpc01のシステムディスクをクローンします。

rootになって行います。

マウントしたままではクローンできないので、クローン先のUSBをumountします。hpc01にNFSでマウントされているファイルをクローンしないよう、autofsをstopします。その後先ほどダウンロードしたclone2sdを使いクローンを行います。clone2sdにはどのデバイス（/dev/sdb）にクローンするのかをパラメータで知らせます。

sudo su

umount /dev/sdb2

systemctl stop autofs

time clone2sd b

/dev/sdb2にファイルシステムがあるが進めても大丈夫か聞かれますのでyを入れます。

するとUSBをフォーマットしてクローンが始まります。USBメモリの書き込み速度によって終わるまでの時間は変化します。

このUSBメモリの場合、7分47秒かかりました。クローンがおわったら、USBメモリを抜いて、クローンしたいリアルマシンに差し込んでUSBメモリからブートします。その後上記と同様の手順で、USBメモリのOSをリアルマシンにクローンします。すると、hpc01のリアルマシンが出来上がりますので、同様の手順をhpc02~hpc04で繰り返します。それでリアルマシンのクラスターが完成します。

これでHPCクラスター構築の連載は終了ですが、ご不明な点やご要望がございましたら、コメントをご記入ください。コメントは全て読み、必ず回答いたします。