TL;DR（本編のゴール）

• 目的： 界面モデルの 安定構造 をつくる（以降の 電荷再分布・DOS/PDOS（Ep.3）、AIMD/DeePMD 学習（Ep.4）の土台）。
• 完了条件： 幾何最適化（relax / 必要なら vc-relax）で max|F| < 1e-3 Ry/Bohr、残留圧力 < 0.5 kbar を達成。
• いまの進捗： まず SCF ベースラインを 4×A100 で取得済（42イテレーションで収束、詳細は下の「ベースライン結果」）。この状態から 幾何最適化へ進めます。
• この記事でできること： ブログの内容をコピペするだけで 同条件で再現できます（擬ポテMD5、k点、KS数、壁時計時間などの 再現性メタデータ付き）。

計算環境（GPU）

すぐ試せる：コピー＆ペースト手順（4GPU）

0) 擬ポテンシャル（短名に統一 / symlink）

mkdir -p ./pseudos_min
ln -sf /home/dl/li_llzo_if_demo/qe/llzo_if/pseudos/Li.pbe-s-van_ak.UPF      ./pseudos_min/Li.UPF
ln -sf /home/dl/li_llzo_if_demo/qe/llzo_if/pseudos/O.pbe-rrkjus.UPF          ./pseudos_min/O.UPF
ln -sf /home/dl/llzo_qe_md_v2/results/llzo_T1000_S1/tmp_1000K_S1/llzo.save/La.pbe-spfn-rrkjus_psl.1.0.0.UPF ./pseudos_min/La.UPF
ln -sf /home/dl/llzo_qe_md_v2/results/llzo_T1000_S1/tmp_1000K_S1/llzo.save/Zr.pbe-spn-rrkjus_psl.1.0.0.UPF  ./pseudos_min/Zr.UPF
ls -l ./pseudos_min/*.UPF  # リンク確認

1) 入力ファイルから SCF を自動生成（必要に応じて）

※ relax_k222_abs.in を基準に、SCF入力を整えます（Li 置換ミスマッチ時はホストLiを採用）。

./mk_scf_from_abs_auto.sh relax_k222_abs.in scf_ppcg_222.clean.in relax_k222.out '' ppcg

2) SCF（ベースライン）を 4GPU で実行

※ GPUで安定・簡単な ppcg 版か、馴染みのある david 版のどちらかで。

# 推奨（GPU向き）:
./run_qe_4gpu_auto.sh scf_ppcg_222.clean.in

# 互換性重視（Davidson）:
cp scf_ppcg_222.clean.in scf_david_222.clean.in
sed -i "s/diagonalization='ppcg'/diagonalization='david'/" scf_david_222.clean.in
./run_qe_4gpu_auto.sh scf_david_222.clean.in

3) 幾何最適化（本編）

※ ファイル名は アンダーバーで統一：relax_k222_abs.in。pseudo_dir='./pseudos_min' を使用。

./run_qe_4gpu_auto.sh relax_k222_abs.in
# 収束判定: ログの max|F| < 1e-3 Ry/Bohr、圧力 < 0.5 kbar を確認

（任意）実行ログの冗長メッセージを減らす

OpenACC/NVHPC 通知や MPI のバインド表示を抑制します。

sed -i \
  -e 's/^export NVCOMPILER_ACC_NOTIFY=.*/# export NVCOMPILER_ACC_NOTIFY=0/' \
  -e 's/^export NV_ACC_TIME=.*/# export NV_ACC_TIME=0/' \
  -e 's/--report-bindings //' \
  -e 's/ -x NV_ACC_TIME//' run_qe_4gpu_auto.sh

ベースライン結果（SCF, 4×A100, np=4, npool=4）

※ ログ末尾の ieee_* 警告は数値演算の一般的な通知で、計算は正常終了（JOB DONE）。

落とし穴と対処

• 擬ポテの取り違え：pseudo_dir に「ディレクトリ」を渡しただけでファイル名が解決できないと、FIO-F-/formatted read/unit=-13。短名 + 明示的パスにする（./pseudos_min/Li.UPF など）。
• GPU oversubscription 警告：Message from routine print_cuda_info: High GPU oversubscription ... が出る場合あり。CVD=1枚/ランクでも表示されることがあり、実害なし。
• NVHPC の通知が多い：上の sed ワンライナーで NVCOMPILER_ACC_NOTIFY / NV_ACC_TIME と --report-bindings を無効化し、静かに。
• OpenMP/LLVM の混在：OMP_TARGET_OFFLOAD=DISABLED, LIBOMPTARGET_PLUGIN=NONE を実行環境で明示して干渉を避ける。

この先にやること（Ep.2 → Ep.3/4）

1. 幾何最適化（本編）：relax（必要なら vc-relax）で max|F| < 1e-3 Ry/Bohr、圧力 < 0.5 kbar を満たすまで収束。
2. 最終構造で SCF：安定な電荷密度を確定。
3. NSCF + DOS/PDOS：dos.x / projwfc.x でギャップと軌道寄与を評価。
4. 電荷密度差：pp.x で Δρ = ρ(LLZO|Li) - ρ(LLZO) - ρ(Li) を出力、等値面や断面で可視化（Ep.3）。
5. AIMD & データ整備：300/500/800 K、欠陥（V_O、Li Frenkel）、界面電場、応力±1–2%などをサンプリング → DeePMD データセット化 → 学習 → LAMMPS で拡散・樹枝化の前兆を探索（Ep.4）。

（補助）最終構造から SCF 入力をつくるシェル断片

Relax のログ（または .save）から CELL_PARAMETERS と最終 ATOMIC_POSITIONS を抜き出して SCF 入力を生成：

# 例: relax の出力ログ relax_k222_abs.out から最終構造を抽出（粗い例）
awk '/Begin final coordinates/{flag=1}
     /End final coordinates/{flag=0}
     flag' relax_k222_abs.out > final_coords.txt

# 必要に応じて SCF 雛形（&control/&system/&electrons/ATOMIC_SPECIES/K_POINTS）は手元の clean.in から流用
# CELL_PARAMETERS / ATOMIC_POSITIONS を final_coords.txt で置換して scf_opt_222.in を作成

再現性メタデータ（今回のログより）

この記事での主な変更点（初版→今回）

• ファイル名の統一： relax_k222_abs.in（下線）。表記ゆれ（relax_k222.abs.in）を解消。
• コピペ手順を明示： 擬ポテの短名リンク、SCF/relax 実行、GPU静音化（sed ワンライナー）を追加。
• 再現性メタデータ追加： 擬ポテ MD5、k点、KS数、Wall時間、出力先を明記。
• 次にやることの具体化： Ep.2 → Ep.3/4 の作業単位（Δρ、DOS/PDOS、AIMD/欠陥/応力/電場）を列挙。