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Blog
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May 09, 2023
24
MPIプログラムを複数ノードを使って実行させる場合、hostfileの作成や、またどのノードが何コア空いているかを調べたりするのに、手間と時間がかかり、思いついてパッと実行することができません。しかし、ジョブスケジューラを使えば、準備やチェックが全く不要で、直ぐにジョブの投入が可能です。今回は姫野ベンチのMPIバージョンを、lavaに投入する方法の実際を解説していきます。
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May 08, 2023
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これまでの連載でhpcクラスターを構成するために必要なソフトウェアのインストールと設定は全て終わりました。
現在のところhpcクラスターを構成するノードはhpc01とhpc02の2台だけですが、hpc02をクローンして幾つかのファイルを修正すれば、ノードを増やすことができます。
ここではhpc03とhpc04を作ってクラスターに加えることにします。
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May 04, 2023
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HPCクラスター構築に役立つ、無料でダウンロード可能なソフトウェアを少しづつアップしていきますが、そのダウンロードの方法を説明します。
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May 02, 2023
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ジョブスケジューラのインストールと設定を行います。クラスターがバラバラのPC/サーバに比べて非常に便利な点に、ジョブスケジューラが使えることがあります。プログラムのパラメータや入力ファイルを少しづつ変えて、たくさん流してその結果を比較したい場合など、プログラムを多数実行したい場合は多々あります。以下では、それらのプログラムの実行をジョブと呼ぶことにします。ジョブスケジューラを使うと、多数のジョブを1つ1つ、クラスター内のコンピュータの空いているコアに実行させ、最短時間で全てのジョブの実行を完了させることができます。
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April 19, 2023
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1台のコンピュータではプログラムの実行速度が遅い場合、複数台のコンピュータを使って、実行速度を速くできます。そのために使われる標準的な方法がMPI(Message Passing Interface)です。ライブラリとコンパイラのラッパー、起動用のコマンドなどのセットになっていて、Ubuntuを使っていれば、簡単にインストールできます。プログラムはMPI用に書き換える必要があります。ここでは、MPIのインストールと、MPI用姫野ベンチをダウンロードしてMPI用にコンパイルしてhpc01単独、hpc01とhpc02の2台で実行の比較を行います。
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April 15, 2023
31
ログインノード(hpc01)でユーザー登録すれば、クラスターの全ノードでそのユーザーが有効になるように設定を行います。
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April 12, 2023
40
クラスター構築の方針ですが、まず最小構成(hpc01とhpc02)のクラスターを完成させます。その後、hpc02をコピーしてhpc03, hpc04と作っていきます。
今回は
hpc01の/homeをNFSでexportして/hpc02で読み書きできるようにします。
それだけですと、hpc02のSSDなどの空きスペースが無駄になってしまう可能性がありますので、hpc02の/homeを/home2にリネームし、他のノード(hpc01も含む)でも読み書きができるようにします。
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April 11, 2023
31
今回の作業は、
1. hpc01をコピーしてhpc02を作成する
2. hpc01でIPマスカレードして、クラスター内(hpc02)からインターネットにアクセス可能にする
です。
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April 10, 2023
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前回構築したhpc01にログインノードが有すべき機能を加えていきます。
最初にUbuntuを最新の状態にアップデートします。
ネットワークデバイス名をeth0, eth1に変更。
eth0をクラスター内ネットワークに、eth1はインターネット接続用に。
/etc/hostsをクラスター用に変更。
openssh-serverをインストールして、クラスター内ではパスワードなしでログイン可能にする。
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April 09, 2023
61
複数台のコンピュータを使用している場合、クラスター化は必須で、次の利点があります。
1. すべてのコンピュータでファイルを共有できる
2. ユーザー登録が1台のコンピュータで可能
3. ジョブのキューにいつでもジョブを投入可能
4. ジョブスケジューラが、キューのジョブを、空いているコンピュータで自動実行する
5. 1台のコンピュータではジョブの実行速度が遅い場合、コンピュータを複数台使いジョブを高速実行できる
しかし、いざ構築しようと思うと、意外と手間がかかるものです。実際の構築は、ネットワークの接続や、ディスプレイやキーボードなどを繋ぎ変えたりする作業もあって、肉体的に疲れる作業ですが、Virtualboxを使って1台のコンピュータ上にクラスターの全ノードを構築すれば、肉体的に疲れる作業から解放され、ソフトウェアの構築作業に集中できます。構築が終わり、動作に問題ないことが確認できれば、各仮想マシンのOSをSystemCloner for Linux by Server-Gearを使い実際のコンピュータにクローンすれば、Real Worldのクラスターが出来上ります。
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